27-го декабря 1748 года госпиталь сгорел, после пожара осталось только 13 палат. Так как число больных тогда все увеличивалось, и к апрелю их было до 700 человек, то, благодаря настойчивости доктора Милиуса, главная контора над портом отвела под них помещения в казармах. Через год погоревший госпиталь исправили: во дворе его понастроили изб для госпитальных служб, а кругом флигелей галереи для прогулки больных. Но недолго суждено было просуществовать госпиталю в таком виде: второй пожар в ночь на 3-е ноября 1761 г. уничтожил почти все его постройки, остались только магазины, поварня, хлебная и две бани, да обгорелый каменный флигель.

     После этого пожара решено было построить на старом же месте каменный госпиталь на 2000 больных и соответственное число госпитального служебного персонала. Проект госпиталя был утвержден, и уже стали было перевозить материалы для постройки, как вдруг страшный пожар, начавшийся в 2 часа пополудни 23-го июля 1764 г. уничтожил большую часть Кронштадта.

     В 1831 году было приступлено к сломке деревянных построек. 12-го Января 1832 г. строительный департамент известил главного командира Кронштадтского порта адмирала Рожнова о том, что Государю Императору угодно было повелеть департаменту приступить в том же году к построению в Кронштадте нового каменного госпиталя на 2000 чел. больных. Госпиталь строился по проекту архитектора Э. Х. Анерта. В 1839 году по проекту Э. Х. Анерта приступили к обустройству госпитального сада. Для сада на заводе Берда отлили чугунную решётку и ворота, которые установили в 1841 году.

     6-го октября 1840 г. госпиталь с церковью во имя Св. Александра Невского был освящен. Главное здание нынешнего Кронштадтского Морского госпиталя выстроено в виде буквы Н. Оно состоит из 3-х больших трехэтажных корпусов (до 60 саж. длиною): двух боковых, западного и восточного, расположенных с севера на юг и одного среднего, соединяющего средины первых двух. В каждом этаже этих корпусов имеется по одному длинному центральному коридору, по сторонам которого расположены палаты. Коридоры освещаются только чрез окна, находящиеся на концах их и чрез стекла палатных дверей.

     Многие из врачей госпиталя являлись участниками кругосветных плаваний и больших морских экспедиций на кораблях Русского Флота. Ими было произведено медико-топографическое описание более 150 портов, побережий и других географических пунктов Европы, Азии, Африки, Америки, Океании и Антарктиды. Именами врачей Кронштадтского морского госпиталя А. Ф. Кибера, А. А. Бунге, А. Е. Фигурина, Л. М. Старокадомского и др. названы многие острова, мысы и проливы почти во всех частях света.      В 1839 году здесь хирург В. А. Караваев проводил первые операции пункции перикарда во время вспышки цинги.
     В 1847-1848 годах в госпитале проходили первые в России испытания наркоза. С 1849 года, по отчётам главного доктора Кронштадтского морского госпиталя И. Я. Ланга, наркоз применяли уже при всех операциях.
     По инициативе доктора Ланга, в 1859 году при госпитале было создано научное общество морских врачей, которое издавало свой собственный журнал. В этом журнале систематически освещались все научные достижения врачей госпиталя.

     В ноябре 1897 года в госпитале был открыт первый морской рентгеновский кабинет с аппаратом А. С. Попова.

     В Кронштадтском военно-морском госпитале работали замечательные медики. Это они заложили основы всей практики госпиталя, это они вырабатывали тот замечательный порядок, которым всегда славился госпиталь, это от них исходила та высокая профессиональная культура, которая усваивалась каждым новым поколением морских врачей. Доктор Амбодик — автор первых в России медицинских учебников; доктор Шеин — создатель медицинской терминологии на русском языке; доктор Буш — крупнейший военно-морской хирург конца XVIII века; доктор Караваев — впервые в истории медицины оперировавший человеческое сердце; доктор Исаев — крупнейший инфекционист, осуществивший на практике идею хлорирования воды; доктор Поленов, создавший отечественную школу нейрохирургии; среди Кронштадтских морских врачей были ученики и последователи И. И. Мечникова, С. П. Боткина и И. П. Павлова.

     В 1897 году главным доктором был назначен В. И. Исаев. При нем госпиталь превратился из обыкновенной мрачной, Николаевских времен, казармы в благоустроенное лечебное заведение. Палаты и коридоры приведены в современный вид. Построена паровая прачешная, собственная электрическая станция, поставлены фильтры, снабжающие весь госпиталь прекрасной чистой водой. Устроена прекрасная дезинфекционная камера. Выстроено здание анатомического театра с холодильниками для трупов и красивым, светлым и просторным залом для вскрытий и часовней-церковью. Кроме того, в самом госпитале устроено центральное отопление, электрическая вентиляция и проведен по всем помещениям водопровод, в отдельной пристройке — кухня с центральным паровым и нефтяным отоплением, хлебопекарня и квасоварня с новейшими машинами.

     Из научных учреждений госпиталя устроена прекрасная бактериологическая и химическая лаборатория; положено начало Рентгеновскому кабинету, устроены светлые и чистые сообразно требованиям хирургии операционные. Переустроено психиатрическое отделение. С этого времени и началась чисто научная деятельность госпиталя. Не мало вышло научных трудов из лаборатории и кабинетов госпиталя, и не один из морских врачей вышел на широкую научную дорогу — профессора Чиж, Груздев, Вестенрик, приват-доценты — Поленов, Белоновский, Шорр и др.

     В 1913 году у входа в госпиталь со стороны госпитального сада был открыт памятник Почётному лейб-медику В. И. Исаеву (работа Л. В. Шервуда).

     Медики госпиталя принимали участие во всех войнах, которые пришлось вести стране за истекшие два с половиной века.
     В период русско-японской войны 1904—1905 гг. госпиталь комплектовал кадрами медицинского персонала и медицинским имуществом корабли 2-й Тихоокеанской эскадры. Из врачей и сестёр госпиталя был сформирован специальный медицинский отряд, принимавший непосредственное участие в героической обороне Порт-Артура. На кораблях "Монголия" и "Аврора" для обследования и лечения раненых применялись новые рентгеновские установки.
     Во время первой мировой войны 1914—1918 гг. Кронштадский морской госпиталь являлся базой для переподготовки врачей, призванных из запаса. Врачи-специалисты госпиталя выезжали на фронт, где активно участвовали в оказании помощи раненым.
     В период Великой Отечественной войны 1941—1945 гг. сотрудники госпиталя показали пример мужества и героизма в выполнении своего патриотического и служебного долга. Несмотря на тяжелейшие условия блокады, непрерывные обстрелы и бомбежки, они самоотверженно боролись за жизнь раненых и больных.

     За образцовое выполнение заданий командования в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками и проявленные при этом мужество и отвагу, Указом Президиума Верховного Совета СССР от 17 июня 1942 года, Кронштадтский Военно-морской госпиталь, первым на флоте, был награжден орденом Ленина. Многие из личного состава госпиталя получили правительственные награды. В 1947 году по Указу Президиума Верховного Совета СССР, коллективу госпиталя было вручено Знамя части.

     К 250-летию Кронштадтского Военно-морского госпиталя был создан госпитальный музей.

     В настоящее время бывший 35 Военно-морской ордена Ленина госпиталь им. Н. А. Семашко является Филиалом № 10 ФГКУ «442 военный клинический госпиталь» МО РФ. В госпитале работают высококвалифицированные медицинские работники, которые лечат военнослужащих и членов их семей, ветеранов военной службы.